物流系统的微观经济效益是指该系统本身在运行后所获得的企业效益。其直接表现形式是这一物流系统通过组织“物”的流动，实现本身所耗与所得之比。当这一系统基本稳定运行，投入的劳动基本稳定之后，这一效益主要表现在利润上。在社会主义市场经济条件下，企业作为独立的经济实体、必须根据价值规律及供求规律，按最大经济效益办事。因此，必然存在微观经济效益。一个物流系统的建立，如果只将自己作为子系统，完全从母系统要求出发，不考虑本身的经济效益，这在大部分情况下是行不通的。应该说，一个物流系统的建立，需要有宏观及微观两个方面的推动力，二者缺一不可。但是由于微观效益来得更直接，因而在建立物流系统，往往只将微观经济效益作为唯一目的，而忽略了系统的宏观效益。我们建立和运行物流系统时，要有意识地以两个效益为目的。